Va començar la seva carrera a les categories inferiors del Clube de Regatas do Flamengo, on va jugar professionalment entre aproximadament 2002 i 2006.

Després va fitxar pel RCD Espanyol, a l’estiu de 2006. Li va costar adaptar-se, però ERNESTO VALVERDE, que disposava d’un molt bon migcamp, va comptar amb ell i JÓNATAS va tenir més protagonisme a la Copa de la UEFA. L’equip va arribar a la final de la competició, contra el Sevilla F.C., i amb un gol extraordinari el brasiler va donar esperança als periquitos de poder conquerir el títol. Malauradament, la tanda de penals ho va impedir.

Durant la seva estada a Espanya, va viure una situació familiar complicada: el segrest del seu pare a Brasil va suposar per ell un moment molt difícil.

Com a migcampista se’l reconeixia per la seva capacitat tècnica, visió de joc i distribució al mig del camp, així com per aportar equilibri a l’equip des de posicions més reculades.

A la temporada 2008-09 va ser cedit al Flamengo, durant tres temporades, ja que no comptava pels entrenadors que van succeir VALVERDE.

Posteriorment va militar en altres clubs brasilers com Botafogo i Figueirense abans de retirar-se.