Va començar a jugar al Cristóbal Colón de Ñemby i després de passar per Ytororó de San Antonio.
En 2005 va fitxar pel Tacuary de la Primera Divisió paraguaiana amb 16 anys.

Al juliol de 2009 va fitxar pel Villarreal "B"
on va jugar dues temporades i la 2011-12
va jugar amb el primer equip castellonenc.
No va tenir continuïtat i va ser cedit a Olimpiacos (2013-14) i al
R.Valladolid (2014-15).

El seu contracte amb el Villarreal era fins juny de 2015 i HERNÁN PÉREZ va
fitxar pel R.C.D.Espanyol a cost zero.

La seva primera temporada; 2015-16 va ser exitosa. Li va costar ser solidari en defensa,
però va anar millorant i es va convertir, tant
per SERGIO GONZÁLEZ com per CONSTANTIN GALCA, en titular
indiscutible a la banda dreta.

Va marcar més gols dels que s'esperava i alguns d'ells molt importants per
sumar tres punts.

En la temportada 2017-18 va ser cedit al Dep.Alavés al no comptar per a
QUIQUE SÁNCHEZ FLORES.

Al tornar en la 2018-19 va tenir aparicions intermitents amb RUBI.

Jugador de banda, adaptable també a la mitja punta, molt hàbil, ràpid i amb bona tècnica de remat.

Va ser internacional en categories inferiors i al març de 2010 va debutar amb la selecció del Paraguai.

Tenia contracte fins 2020, pero el club el va rescindir al no comptar HERNÁN per a DAVID GALLEGO.

Va signar amb el Al-Ahli de Qatar.