En la temporada 1930-31 va jugar al CE Europa, a la 1932-33 formava part del CE Júpiter i també va jugar aquesta mateixa temporada amb el FC Martinenc.

A la temporada 1935-36 JOAN FLAQUÉ va jugar dos partits del Campionat de Catalunya amb l'Espanyol, a les ordres de HARRY LOWE.

El primer partit va ser l'1-09-1935 al RCD Espanyol-CF Badalona (1-1) i el segon el
8-09-1935 al CE Júpiter-RCD Espanyol (3-2).

Jugava de mig esquerre. La temporada següent, 1936-37, es va enrolar a les files
del CE Terrassa.