Comenzó su carrera en las categorías inferiores de Clube de Regatas do Flamengo, donde jugó profesionalmente entre aproximadamente 2002 y 2006.
Luego fichó por el RCD Espanyol, en el verano de 2006. Le costó adaptarse, pero ERNESTO VALVERDE, que tenía un muy buen centro del campo, contó con él y JÓNATAS cobró mayor protagonismo en la Copa de la UEFA. El equipo llegó a la final de la competición, frente al Sevilla F.C., y con un gol extraordinario el brasileño dio esperanzas a los pericos de poder conquistar el título. Desgraciadamente la tanda de penaltis lo impidió.

Durante su estancia en España, vivió una situación familiar complicada: el secuestro de su padre en Brasil supuso un momento muy difícil de su vida profesional.

Como mediocentro se le reconocía por su capacidad técnica, visión de juego y distribución en el medio campo, así como por aportar equilibrio al equipo desde posiciones más retrasadas.

En la 2008-09 fue cedido al Famengo, durante tres temporadas, ya que no contaba para los entrenadores que sucedieron a VALVERDE.

Posteriormente militó en otros clubes brasileños como Botafogo y Figueirense antes de retirarse.