Empezó a jugar en el Cristóbal Colón de Ñemby y después pasó al Ytororó
de San Antonio.
En 2005 fichó por el Tacuary de la Primera División paraguaya con 16 años.

En julio de 2009 fichó por el Villarreal "B"
donde jugó dos temporadas y en la
2011-12 jugó con el primer equipo castellonense.
No tuvo continuidad y fue cedido a Olimpiacos (2013-14) y al
R.Valladolid (2014-15).

Su contrato con el Villarreal era hasta junio de 2015 y HERNÁN PÉREZ fichó por el R.C.D.Espanyol a coste cero.

Su primera temporada, 2015-16, fue exitosa.
Le costó ser solidario en defensa, pero fue mejorando y se convirtió, tanto para SERGIO GONZÁLEZ como para CONSTANTIN GALCA,
en titular indiscutible en la banda derecha.

Marcó más goles de los que se esperaba y algunos de ellos muy importantes para sumar tres puntos.

En la temporada 2017-18 fue cedido al Dep.Alavés al no contar para
QUIQUE SÁNCHEZ FLORES.

Al regresar en la 2018-19 tuvo apariciones intermitentes con RUBI.

Jugador de banda, adaptable también a la
media punta, muy hábil, rápido y con
buena técnica de remate.

Fue internacional en categorías inferiores
y en marzo de 2010 debutó con la
selección de Paraguay.

Tenía contrato hasta 2020, pero el club lo rescindió al no contar HERNÁN para
DAVID GALLEGO.

Firmó por el equipo del Al-Ahli de Qatar.